Ως τόν 3ο π.χ. αιώνα υπήρχαν στην χερσόνησο του Αθω πολλες μικρές ελληνικές πολεις κύρια παροικίες των Χαλκιδέων και Ερετριέων.Συχνα οι πόλεια αυτές αναφέρονται στα εργα τών αρχαίων συγγραφέων Ομήρου Θουκυδίδη,Πλουτάρχου Απολλώνιου.Ανάμεσα τους οι πιο σημαντικές ηταν η Σάνη η ουρανούπολη,τό Θύσσον,οι Κλεωνές,τό Δίον , ο Ακραθως , η Ολοφυξος.Αργότερα για λόγους αγνώστους οι πόλεια αυτές παράκμασαν η καταστράφηκαν , για να κρατήσει ο ττόπος για αιώνες τη γνωστή και σήμερα παρθενική του εικόνα.

Ανθρώπινη δραστηριότητα ξαναεμφανίζεται στο Αγιο Ορος μετα απο 1000 σχεδον χρόνια αφου προηγούμενα βαρβαροι επιδρομείς κατέστρεψαν και τις μικρες ανθρωπινες εστίες που απόμειναν στην περιοχη.Τόν 7ο αιώνα εμφανίζεται στην περιοχη ο μοναχός Πέτρος ο Αθωνίτης και σε λιγο εκδηλώνεται ενα μεγάλο ρεύμα εγκατάστασης μοναχών προερχομένων απο τίς χριστιανικές χώρες της Ανατολής οπου ειχαν επικρατήσει οι Αραβες.

Τήν ίδια εποχή τοποθετείται χρονικά η ίδρυση τών πρώτων χριστιανικών μοναστηριών στο Αγιο Ορος στα οποία βαθμιαία συγκεντρώθηκε μεγάλος αριθμός μοναχών ασκητών και ερημιτών καθώς ο δυσπροσιτος τόπος προσφερε μεγάλη ασφάλεια και απομόνωση.Tό 10ο αιώνα οι μοναχοί Αθανάσιος ο Αθωνίτης και   Παύλος ο Ξηροποταμίτης χτίζουν συσττηματικά πια οργανωμένα μοναστηριακά συγκροτήματαοπου συγκεντρώνοναται οι μοναχοί της περιοχής καί ζουν  με κοινοβιακό σύστημα.Η οργάνωση της ζωής στο Άγιο Όρος γίνεται πάνω σε πρότυπα κοινότητας,με τη βοήθεια και εμπρακτη συμπαράσταση των βυζαντινών αυτοκρατόρων και των αλλών τιτλούχων και επιφανών προσωπικοτήτων της εποχής.

Το 972 συντάσσεται για πρώτη φορά επίσημο <<τυπικό>>(καταστατικό) λειτουργίας του Άγιου Όρους απο τον Αθανάσιο Αθωνίτη.Το κείμενο γράφεται σε δέρμα τράγου(γι'αυτό ονομάστηκε και <<Τράγος>>) και υπογράφεται από τον αυτοκράτορα Ιωάννη Τσιμισκή.Ο <<Τράγος>>,που αποτέλει ενά τα πιο σπάνια γραπτά ντοκουμέντα,φυλάγεται με μεγάλη ευλάβεια στη βιβλιοθήκη της <<Ιερης Κοινότητας>> του Άγιου Όρους.Ένα δεύτερο <<τυπικό>>,που το πρωτότυπο του δε σωθηκε,συντάχτηκε αργότερα στα χρόνια του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου του Μονομάχου(1042-1054).

Κατά τη διάρκεια της Λατινοκρατιάς στο Βυζάντιο (1204-1261),το Άγιο Όρος έπαθε μεγάλες και συχνές δοκιμασίες,λεηλασίες και καταστροφές από τουσ Λατίνουσ επιδρομείς.Εξίσου καταστροφικό ητάν το πέρασμα των Καταλανών μισθοφόρων στα χρόνια του Ανδρόνικου Παλαιολόγου (1282-1328),που κατάστρεψαντα πάντα ισοπεδώνοντας ναους και μοναστήρια.Απο τα 300 μοναστήρια που υπήρχαν τότε στο Όρος μόνο 25 διασώθηκαν από τη λαίλαπα της καταστροφικής μανίας των Καταλανών.

Στο πρώτο μισό του 14ου αιώνα το Άγιο Όρος και η Θεσσαλονίκη κυριαρχούν σαν θρησκευτικά κέντρα της Ορθοδοξίας σ'ολόκληρη τη Βαλκανική.Ήταν,συνεπώς,επόμενο εκεί να εκδηλωθεί η μεγάλη θρησκευτική διαμάχη ανάμεσα στους <<Ησυχαστές μοναχούς>>,οπαδούς της <<νοεράς προσευχής>>,και στους <<Βαρλααμιστές>> αντιφπονούντες.Οι Αγιορείτες <<Ησυχαστές>>,με επικεφαλήςτον αργότερα μητροπολίτη Θεσσαλονίκης Γρηγόριο Παλαμά,αγωνίστηκαν με σφοδρότητα και πάθος και κατάφεραν να επιβάλλουν τελικά τις θεολογικές απόψεις τους για τη θεία ουσία και τις θείες ενέργειες σ'όλη σχεδόν τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία.

Μετά την κατάληψη της Θεσσαλονίκης απο τους Τούρκους(1430) και την πτώση της Κενσταντινούπολης (1453),τόσο ο σουλτάνος Μουράτ Β' όσο και ο Μωάμεθ σεβάστηκαν και αναγνώρισαν την αυτονομία του Άγιου Όρους καθιερώνοντας,μάλιστα,και μια σειρά προνομίων για τους μοναχούς κατοίκους του.Ετσι το Άγιο Όρος,αυτόνομο και αυτοδιοικούμενο ουσιαστικά στο μεγαλύτερο διάστημα της μακραίωνης τουρκικής σκλαβιάς,διαφύλαξε με ευλάβεια την  ελληνο-ορθόδοξη χριστιανική παράδοση,τα ελληνικά γράμματα και τις τέχνες,για να συμβάλλει με τον τρόπο αυτό στη διάσωση του Γενους των Ελλήνων.

Παρόλα αυτά η επιβίωση των μοναχών στα χρόνια της τουρκοκρατίας δεν ήταν πάντα εξασφαλισμένη από τα,πρόσκαιρα άλλωστε,προνόμια των κατακτητών.Οι βαριές φορολογίες,οι συχνές διώξεις και πιέσεις των Τούρκων διαφοροποίησαν ριζικά την κατάσταση της αρχικής ευημερίας.Κάτω από τη νέα πραγματικότητα, το 16ο αιώνα άρχισαν να διαλύονται τα κοινόβια των μοναχών εξαιτίας του οικονομικού μαρασμού και να δημιουργούνται αυτοσυντηρούμενα μοναστήρια(ιδιόρρυθμα) και σκήτες.Η κατάσταση βελτιώθηκε αργότερα με την ενίσχυση των Ελλήνων-κύρια-ηγεμόνων των Παραδουνάβιων Ηγεμονιών,που συνέβαλαν με μεγάλες υλικές προσφορές στην αναγέννηση και ανόρθωση του λαμπρού αυτού κέντρου της Χριστιανικής Ορθοδοξίας.Από την εποχή  αυτή καθιερώθηκαν οι κυρίαρχες Μονές του Αγίου Όρους που ήταν,όπως και σήμερα,συνολικά 20.

Στο δεύτερο μισό του 18ου αιώνα ιδρύεται και λειτουργεί στο Άγιο Όρος η <<Αθωνιάδα Σχολή>> με πρωτοβουλία του ηγούμενου της Μονης Βατοπεδίου Μελετίου (1748) και του Πατριάρχη Κων/πόλεως Κυρίλλου Ε΄,που διάθεσε σοβαρούς πόρους για  τη λειτουργία του μοναδικού αυτού κέντρου των ελληνικών γραμμάτων κατά τη διάρκεια  της τουρκοκρατίας.Στη Σχολή διδάσκονταν από επιφανείς δασκάλους φιλοσοφία,μεταφυσική,μαθηματικά,φυσική,κοσμογραφία,λατινικά κ.ά

Το 1754 ο Κοσμάς Λαυριώτης εγκαθιστά στη Μονή το πρώτο τυπογραφείο στο Άγιο Όρος,γεγονός που συντέλεσε αποφασιστικά στην προώθηση της πνευματικής καλλιέργειας και των γραμμάτων και πέρα από τα όρια της μοναστικής πολιτείας.

Μετά την απελευθέρωση του Αγίου Όρους (1912)η <<Ιερά Κοινότητά>> του με ψήφισμα της 3ης Οκτωβρίου 1913 κήρυξε το Άγιο Όρος αναπόσπαστο τμήμα της Ελληνικής Επικρατίας.Η κυριαρχία της Ελλάδας στο Όρος αναγνωρίστηκε και με τις διεθνείς συνθήκες του Λονδίνου (1913),Βουκουρεστίου (1913),Νε'ι'γυ (1919) και σεβρών (1920).

Το Άγιο Όρος διοικείται απο το Συμβούλιο των αντιπροσώπων των 20 Μονών (Ιερά Κοινότητα)με συμμετοχή του ελληνικού κράτους που εκπροσωπείται από αντιπρόσωπό του στις Καρυες.Εκτελεστικό όργανο της <<Ιερας Κοινότητας>>είναι η 4μελής <<Ιερά Επιστασία>> με επικεφαλής τον <<Πρωτεπιστάτη>>.Την εποπτεία του Αγίου Όρους για τα πνευματικά θέματα και ζητήματα έχει το Οικουμενικό Πατριαρχείο Κωνσταντινούλης,ενώ ο διοικητής εκπρόσωπος του ελληνικού κρατους ασκεί εποπτεία σε όλα τα άλλα θέματα,ιδιαίτερα αυτά της δημόσιας τάξης και ασφάλειας.

Σήμερα στο Άγιο Όρος υπάρχουν 20 κυρίαρχες Μονές,απο τις οποίες οι 17 είναι ελληνικές,Μεγίστης Λαύρας,Βατοπεδίου,Ιβήρων,Διονυσίου,Κουτλουμουσίου,Παντοκράτορος,Ξηροποτάμου,Δοχειαρίου,Καρακάλου,Φιλοθέου,Σίμωνος Πέτρας,Αγίου Παύλου,Σταυρονικήτα,Ξενοφώντος,Γρηγορίου,Εσφιγμένου,Κωνσταμονίτου.Επίσης υπάρχει μια ρωσική Μονή(Αγίου Παντελεήμονος),μια σερβική (Χιλανδαρίου)και μια βουλγάρικη (Ζωγράφου).

Οι Μονές,ανάλογα με τη μορφή οργάνωσής τους,διακρίνονται σε <<κοινοβιακές>>και <<ιδιόρρυθμες>>.

Πέρα απο τις Μονές υπάρχουν σήμερα στο Όρος 14 Σκήτες που αποτελούν μικρότερες μοναστικές μονάδες.Ακόμα,υπάρχουν μικρότερες μεμονομένες κατοικίες μοναχών που λέγονται<<καλύβες>> και,σε απρόσιτα μέρη,υπάρχουν τα <<ερημητήρια>>,τα <<ησυχαστήρια>>και τα <<καθίσματα>>,όπου εφαρμόζεται η πιο αυστηρή μορφή μοναχισμού(ασκητές).