Η Μονή Καρακάλλου απουσιάζει από το Α' και Β' Τυπικό του Αγίου Όρους
(972 και 1046), αναφέρεται, όμως, σε άλλα έγγραφα του 11ου αιώνα. Δεν είναι γνωστό ποιος είναι ο ιδρυτής της. Η υπόθεση ότι η ίδρυση οφείλεται στο Ρωμαίο αυτοκράτορα Καρακάλλα (3ος αιώνας) είναι αβάσιμη.

Ορισμένοι αναφέρουν ως κτήτορα κάποιον Νικόλαο καταγόμενο από την
κωμόπολη Καρακάλλα, ενώ δεν αποκλείεται η εκδοχή κάποιος μοναχός με το επώνυμο Καρακαλάς ή Καρακάλας - ονόματα γνωστά στο Βυζάντιο - να έκτισε το μοναστήρι που πήρε κατόπιν το όνομα του.

Το καθολικό κτίσθηκε κατά τα έτη 1548-1563 και είναι αφιερωμένο στους Αγίους Αποστόλους, Πέτρο και Παύλο. Οι τοιχογραφίες είναι μεταγενέστερες, του 18ου αιώνα.
Στο ξυλόγλυπτο τέμπλο σώζεται μια εξαίρετη εικόνα των δώδεκα Αποστόλων,
έργο του ζωγράφου Διονυσίου ιερομόναχου από τα Άγραφα με χρονολογία 1722.
Η μονή έχει 7 ακόμη παρεκκλήσια από τα οποία τα τέσσερα είναι αγιογραφημένα.