Το μοναστήρι κατέχει την πρώτη θέση μεταξύ των μονών του Αγίου Όρους και ακολουθεί το κοινοβιακό σύστημα διαβίωσης. Στη μονή και στις σκήτες, τα κελιά και τα ησυχαστήριά της διαμένουν 317 μοναχοί (1990), οι περισσότεροι από όλες τις μονές.

Έχει τη μορφή μικρής μεσαιωνικής πολιτείας, περιβάλλεται από ισχυρό τείχος με 15 πύργους. Εντός και εκτός των τειχών υπάρχουν 37 παρεκκλήσια, πολλά αυτοτελή κελιά, τρεις σκήτες (Καυσοκαλύβια, Αγίας Αννας και Τιμίου Προδρόμου) και περιοχές καλυβών.

Το καθολικό της Μεγίστης Λαύρας είναι το πρότυπο των καθολικών όλων των μονών του Αγίου Όρους. Κτίστηκε το 963 από τον Αθανάσιο. Είναι τετρακίονος ναός με τρούλο. Σε μεταγενέστερες εποχές προστέθηκαν τρεις κόγχες με αποτέλεσμα να πάρει τη μορφή σταυροειδούς ναού με τρούλο. Οι τοιχογραφίες του ναού είναι έργα του φημισμένου ζωγράφου της Κρητικής σχολής Θεοφάνη. Δείγματα της ζωγραφικής του Θεοφάνη σώζονται επίσης και στην Τράπεζα της μονής.